垢が亀頭冠状溝と包皮の間に溜まり、汚染や感染を生じ、感染症、陰茎癌の発生率を高める可能性が指摘されている。
清潔にさえすればその心配はないが無理に剥離しようとすると出血の可能性があるため、無理な剥離はしない方がよい。
射精自体は可能なものの包皮が引っ張られることにより痛みを生じることが多い。
挿入時の摩擦により陰茎が包皮を破り出て傷害を負う危険性もあるので通常の性行為は困難である。また、包皮に裂傷を負う場合もある。
力まないと尿が出ないほどの重度の包茎では尿路閉塞性疾患を起こして膀胱拡張、肉柱形成（膀胱の排尿筋の肥大）、水腎症と進み腎不全になるおそれもある。
包皮口が狭小な場合、包皮を無理に反転させて亀頭を露出した状態にしておくと血管やリンパ管が狭い包皮輪の部分で絞扼されて循環障害を起こし先の包皮が腫脹して激しい痛みを伴うことがある。
AIDSが多く見られる国家、地域においてはこれの感染を予防するため、包皮の切除を行っている。
