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   * OPにて、まだ原作に未登場のキャラクターが1名、影がかかった後ろ姿の状態で出ている。
   * 原作では物語の始まりは2004年12月と決まっていたが、アニメでは200X年となっている。
   * 第1話冒頭からいきなり桜が咲いている季節から始まり、第1話本編から第3話終盤までの話はハヤテの回想だったことになっていて、第4話で
     ナギが学校に行くシーンでは新学期になっている。そのため、原作の1月~3月の間の話の季節は大きくズレることになる。
   * 前番組「MÄR-メルヘヴン-」のキャラクター、「ドロシー」(「ジャック」も登場したことがある)がモブキャラでたびたび登場する。

主要キャラクターの初登場場面

原作第4巻の話がアニメ第4話の話になるなど、原作と話の順序が大きく異なっている。そのため、主要キャラクターの初登場順も原作と大きく異なる。

   * 綾崎ハヤテ - 原作:第1話、アニメ:同
   * 三千院ナギ - 原作:第1話、アニメ:同 
   * マリア - 原作:第1話、アニメ:同 
   * 桂ヒナギク - 原作:第35話、アニメ:第4話
   * 鷺ノ宮伊澄 - 原作:第16話、アニメ:第5話
   * 愛沢咲夜 - 原作:第11話、アニメ:第5話
   * 橘ワタル - 原作:第20話、アニメ:第6話
   * 貴嶋サキ - 原作:第20話、アニメ:第6話
   * 桂雪路 - 原作:第34話、アニメ:第4話
   * 瀬川泉 - 原作:第34話、アニメ:第4話
   * 花菱美希 - 原作:第34話、アニメ:第4話
   * 朝風理沙 - 原作:第41話、アニメ:第4話
   * 西沢歩 - 原作:第37話、アニメ:第1話
   * タマ - 原作:第7話、アニメ:第3話
   * クラウス - 原作:第4話、アニメ:第2話(声のみ:第1話)

表現の自主規制

日曜朝という全日帯での放送であるため、アニメ放送中には表現の自主規制による改変が多々ある。
流血シーンには「見せられないよ!」と書かれたテロップを持った「自主規制君」が被される。
これは、テレビ東京で子供に対する配慮から、事実上流血シーンが放映できなくなったことが理由と見られているが、それを逆手に取ったネタとして使われていると思われる部分もある。
原作の伏字の○部分には、「ピー音」が入ったり、キャラクターの口に「自主規制君」が被される。