aspirin-marcov @ ウィキ
http://w.atwiki.jp/aspirin-marcov/
aspirin-marcov @ ウィキ
ja
2010-09-17T08:11:50+09:00
1284678710
-
WinBUGSのマニュアルを駆け足で(?)読む
https://w.atwiki.jp/aspirin-marcov/pages/110.html
* Introduction
-とりあえずベイズとかMCMCはこのマニュアルで解説しないから知っとけと。
--お勧め参考文献:Carlin and Louis (1996), Gelman et al (1995), Gilks, Richardson and Spiegelhalter (1996): Brooks (1998)
-WinBUGSはそれぞれのnodeでsimulateする((まずノードってなんなんだろう))ので、related parameterをもつモデル、例えばHMMなどではconvergenceがとても遅くなるそうだ・・・って、言われてもわからん
-classical BUGSについて必ずしも知っている必要はないけど、知っていてもいいかも
--http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/bugs
**MCMC methods
-Bayesian MCMCについては、知っておかねばならない: Gilks et al (1996)
-サンプリング法の紹介 : まだわかるレベルではないや。
** WinBUGSの文法は、classic BUGSとどう違うか
-略
* Compound documents
** compound documentって何?
- いろんな情報が集まった書類ファイル
- WinBUGSはcompound documentから入力を受け、compound documentに出力することができる
- 拡張子は.odc
** compound documentsで仕事する
2010-09-17T08:11:50+09:00
1284678710
-
WinBUGS
https://w.atwiki.jp/aspirin-marcov/pages/109.html
-[[WinBUGSのマニュアルを駆け足で(?)読む]]
2010-09-16T07:20:08+09:00
1284589208
-
pukiwiki
https://w.atwiki.jp/aspirin-marcov/pages/108.html
*texvc
**インストール
-texvc.inc.phpをどっかからもってくる。
-たいていはtexvcの実行で詰まる。僕はpukiwikiディレクトリ下のtexvc下において、その相対パスをtexvc.inc.phpに書いといた。あとhttpd関連がよくわからないので、texvc.cgiに名前変えてみた。
define("TEXVC_PATH", "texvc/texvc.cgi");
**複数行の入力
pukiwiki.ini.phpのPKWKEXP_DISABLE_MULTILINE_PLUGIN_HACKを0にする必要がある場合もあるらしい。僕の場合は大丈夫だった。そんで、
#texvc(){{
P(S_j|S_{j-1})=
\begin{cases}
\theta^2_j/H^2 & \mbox{if } x_j \neq x_{j-1} \mbox{ and } y_j \neq y_{j-1}\\\\
(1-\theta_j) \theta_j/H+\theta^2_j/H^2&\mbox{if } x_j \neq x_{j-1} \mbox{ or } y_j \neq y_{j-1}\\\\
(1-\theta_j)^2 + (1-\theta_j) \theta_j/H+\theta^2_j/H^2&\mbox{if } x_j =x_{j-1} \mbox{ and } y_j = y_{j-1}
\end{cases}
}}
という書き方をする。ちなみに改行は\\\\、鉄則。
2009-12-29T00:13:35+09:00
1262013215
-
gnuplot
https://w.atwiki.jp/aspirin-marcov/pages/107.html
***グリッドを表示
set grid
***x軸、y軸のラベル
set xlabel "**"
set ylabel "**"
***グラフの大きさを縦横同じにする
なんか納得行かないけど
set size 0.741,1.0
**散布図を書く
ふたつ以上のデータ系列を入力したファイルを用意
X Y
10 20
5 3
18 32
次のように読み込んでプロット
plot "**.txt" using 1:2
2009-12-15T17:54:24+09:00
1260867264
-
WGA Viewer
https://w.atwiki.jp/aspirin-marcov/pages/106.html
*データベースに接続できない
-ダウンロードして実行してみると、いきなりデータベースに接続できないと言われる。
-その場合、ConfigurationタブからConfigure Internet connectionを選び、Using Duke University Proxy Server for MySQL Connectionとする
*データ読み込み
-今回はplinkとかでなく、自作の結果ファイルを読み込ませる。
-File-Open external data file-make input file for WGAViewer
--SNP名とp値がインプットされているカラム名を入力
--mapファイルを入力。今回はplinkファイルもあるのでそれのmapファイルを使用する。
-データ入力がおわるといきなりManhattan plotが出現。
-Tools-Q-Q plotでQ-Q plotを書ける。帰無仮説t分布(回帰分析や量的形質のときとか)でも書けてらくちん。
-Tools-Top hitsでp値の低いtop SNPsを選択する。
--Top hitsタブを選択
--SNP名をクリックしAnnotationを選択
--LD spanは200でなく500などを指定したいかもしれない。populationは必要に応じて。r2は0.8でいいだろう。
--LD testはHapMapを使う手もあるが、自分のデータから計算していてもいい。ところでplinkは単に相関係数を出すだけのようだがなぜだろう。HaploviewはHendrick's multiallelic D'というのを使用しているがこれのほうがよいのでは。
--ここで時間がかかる。
--Gene contextを選ぶと、関連SNPの領域プロットを得られる。
つづく
2009-12-04T19:15:25+09:00
1259921725
-
screen
https://w.atwiki.jp/aspirin-marcov/pages/105.html
-エスケープをZにする。~/.screenrcに以下記載
escape ^z^z
-セッション操作
--^z+cで新しいセッションを作成。セッション間は^z+spaceか、^z+n, ^z+pで移動
-リージョン操作
--^z+Sでリージョンを分割。分割したリージョン間の移動は^z+tab。
--empty regionでは、再び^z+cでセッションを作成する、などする。
--^z+Qで現在のリージョン以外を閉じる、^z+Xで現在のリージョンを閉じる
2009-11-26T23:42:01+09:00
1259246521
-
チーム成績と優勝
https://w.atwiki.jp/aspirin-marcov/pages/104.html
世の中では打率、ホームラン、打点で言えば打点がもっとも勝利に貢献するという。近年の野球解析では出塁率が関係するそう。
・・と思ったらチーム成績はほとんどでてこないねー
2008-08-28T01:26:11+09:00
1219854371
-
野球
https://w.atwiki.jp/aspirin-marcov/pages/103.html
2008年8月、星野ジャパンがオリンピックで異常に頭に来る負け方をした。何が頭に来るかというと、一言で言えばほんの少しも頭を使っていないということに尽きる。妙な根性論を振りかざした戦争末期の陸軍将校ときわめて似ていることは2ちゃんねるでも繰り返し指摘されている。
・・・というわけであまりにむかつくので解析でもしてみようっと・・・野球解析はよくあるはなしだ。目新しくもない。これは単なる暇つぶしです。
[[チーム成績と優勝]]
2008-08-28T01:03:07+09:00
1219852987
-
東京駅周辺
https://w.atwiki.jp/aspirin-marcov/pages/102.html
=皇居周辺=
==楠木正成像 The statue Masashige Kusunoki==
[[画像:KM.jpg]]
楠木正成(永仁2=1294年〜建武3=1336年)は、鎌倉末期〜室町時代の武将。最期まで天皇への忠心を貫き、湊川の戦いで討ち死にする。
Kusunoki, Masashige (1294-1336) was a samurai who lived from the end of Kamakura era to Muromachi era.
1890年、伊予国(愛媛県)別子銅山の開坑200年を記念し、時の住友家当主、友忠が、楠木正成の銅像を、自らが経営する別子銅山の銅を用いて鋳造し、宮内省(現、宮内庁)に献納することを志した。友忠は銅像の完成を見ることなく、若くして亡くなったが、その遺志を継いで住友吉左衛門が献納。東京美術学校(現、東京藝術大学)木彫科の主任教授であった高村光雲をはじめ、複数の教授および学生が制作にたずさわり、1896年完成。その後台座部分が完成し、現在の位置に据付が完了するのが1900年。台座部分の記文は銅像完成直後の明治30 (1897) 年1月の日付となっている。
==二重橋 Nijubashi==
江戸時代、西の丸の改修に合わせつくられた。手前の橋「正門石橋」、もと「西の前大手橋」と奥の橋「正門鉄橋」、もと「西の丸下乗橋」の二重構造となっている。本来奥の橋が二段構造となっている事が二重橋の名の由来で、奥の橋の事を二重橋と呼ぶものであるが、現在は公式にもこの二重構造を指して二重橋とする。手前の橋は明治20年(1887年)12月に石橋として架け替えられた。奥の橋は明治21年(1888年)に鉄橋となった。いずれもドイツの技術を用いている。奥の橋は昭和39年(1964年)に架け替えられている。正門石橋のかかる門は大手門で、さらに奥には伏見櫓が見える。
Nijubashi (in English, double bridge) is the name of bridges at the front gate of Imperial Palace. The inner bridge is "Seimon Tekkyo" (the iron bridge of front gate), whereas t
2008-06-29T11:36:39+09:00
1214706999
-
行列
https://w.atwiki.jp/aspirin-marcov/pages/101.html
==ベクトルとベクトルの積==
<math>
¥begin{array}
a & b ¥¥
c & d
¥end{array}
</math>
2008-05-11T04:15:09+09:00
1210446909