BLAST


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BLAST導入奮戦期

複数の配列にバッチ処理してBLASTやらせたい~。ついでに結果を比較したい。

初日

  • スタンドアロンBLASTの導入を計画しNCBI-BLASTはインストールしたが、どうやら相当遅いらしいという情報があったので挫折。
  • bioperlからやれるという情報あり。
>ppm
>install BioPerl
>Note: Package 'bioperl' is already installed.
・・・あれっもうインストールされているらしい。そういえば昔やってみたような気が・・・
  • ncbiからサンプルのperlコードをダウンロード、コマンドプロンプト上でBLASTに成功!しかしかなり汎用性が低く作られたコードで、バッチ処理に持っていけない・・・
  • そこから実際に取り出すところまでなぜか行けず、挫折。
  • どうもWU-BLASTというワシントン大学のBLASTがperlコードを提供しているという情報を得る。

二日目

  • WU-BLASTのperlスクリプト、wublast.plをダウンロード。早速実行すると、
You need to install SOAP::Lite 0.60 for using this service at wublast.pl line 6.
てなわけでppmすると
>ppm
>install SOAP-Lite
>Note: Package 'SOAP-Lite' is already installed.
あれっなんでだ。ググるとどうもppmは少しバージョンが古い場合があるらしい。しょうがないのでcpanから直接ダウンロードするしかないらしい。windowsでやる場合、tarとgzipとmakeがないといけないようだがMinGWに入っているでしょう。
>perl -MCPAN -e shell
...
> install SOAP::Lite

うんちゃんと動いてる。・・・と思ったら

'nmake'は、内部コマンドまたは外部コマンド、
操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されていません。
Microsoftっていうのはコマンドプロンプトのアラームまでわかりにくいんだなあ。まあいいや。nmakeってなんじゃ。→よくわからなかった。nmakeはサイトから直接ダウンロードして、c:\Program Files\MinGW\binにいれといた。やりなおし。
  nmake install  -- OK

でけたようだ。再度。

C:\Documents and Settings\●●\My Documents\Research\Tools\blast>perl wublast.pl
You need to install SOAP::Lite 0.60 for using this services at wublast.pl line 6

.

うーんおかしいなと思ってコードをチェック。なんとぉーバージョンが0.60にぴったり一致しないとだめみたいだ。cpanからいれたのは0.69。んなばかなことがあるかいな。コメントアウトしちゃえ。
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