WGA Viewer


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データベースに接続できない

  • ダウンロードして実行してみると、いきなりデータベースに接続できないと言われる。
  • その場合、ConfigurationタブからConfigure Internet connectionを選び、Using Duke University Proxy Server for MySQL Connectionとする

データ読み込み

  • 今回はplinkとかでなく、自作の結果ファイルを読み込ませる。
  • File-Open external data file-make input file for WGAViewer
    • SNP名とp値がインプットされているカラム名を入力
    • mapファイルを入力。今回はplinkファイルもあるのでそれのmapファイルを使用する。
  • データ入力がおわるといきなりManhattan plotが出現。
  • Tools-Q-Q plotでQ-Q plotを書ける。帰無仮説t分布(回帰分析や量的形質のときとか)でも書けてらくちん。
  • Tools-Top hitsでp値の低いtop SNPsを選択する。
    • Top hitsタブを選択
    • SNP名をクリックしAnnotationを選択
    • LD spanは200でなく500などを指定したいかもしれない。populationは必要に応じて。r2は0.8でいいだろう。
    • LD testはHapMapを使う手もあるが、自分のデータから計算していてもいい。ところでplinkは単に相関係数を出すだけのようだがなぜだろう。HaploviewはHendrick's multiallelic D'というのを使用しているがこれのほうがよいのでは。
    • ここで時間がかかる。
    • Gene contextを選ぶと、関連SNPの領域プロットを得られる。

つづく

ツールボックス

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