データベースに接続できない
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ダウンロードして実行してみると、いきなりデータベースに接続できないと言われる。
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その場合、ConfigurationタブからConfigure Internet connectionを選び、Using Duke University Proxy Server for MySQL Connectionとする
データ読み込み
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今回はplinkとかでなく、自作の結果ファイルを読み込ませる。
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File-Open external data file-make input file for WGAViewer
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SNP名とp値がインプットされているカラム名を入力
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mapファイルを入力。今回はplinkファイルもあるのでそれのmapファイルを使用する。
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データ入力がおわるといきなりManhattan plotが出現。
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Tools-Q-Q plotでQ-Q plotを書ける。帰無仮説t分布(回帰分析や量的形質のときとか)でも書けてらくちん。
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Tools-Top hitsでp値の低いtop SNPsを選択する。
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Top hitsタブを選択
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SNP名をクリックしAnnotationを選択
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LD spanは200でなく500などを指定したいかもしれない。populationは必要に応じて。r2は0.8でいいだろう。
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LD testはHapMapを使う手もあるが、自分のデータから計算していてもいい。ところでplinkは単に相関係数を出すだけのようだがなぜだろう。HaploviewはHendrick's multiallelic D'というのを使用しているがこれのほうがよいのでは。
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ここで時間がかかる。
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Gene contextを選ぶと、関連SNPの領域プロットを得られる。
つづく
最終更新:2009年12月04日 19:15