「ヒトMHC領域の高解像度連鎖不平衡マップと、第一世代のtagSNPs」の編集履歴（バックアップ）一覧はこちら
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*Introduction
-LDの強い領域ではハプロタイプの多様性が低いことが知られている
--haplotype tagSNPsによる効率的なtaggingが期待できる
--tagSNPsの使用は、完全に相関したマーカーでない限り、''検出力の低下''を伴う
-linkage scan、association mappingでは次の疾患においてMHC領域に強いシグナルを発している
--自己免疫疾患：T1DM、MS、SLE
--感染症：マラリア、AIDS
-MHCについてのSNPを用いたLDパターン構造の報告が出てきている
--recombination hotspotが、'''HLA-DNA'''、'''BRD2''' ('''RING3''')、'''HLA-DQB1'''、'''TAP2'''遺伝子内に報告された。
--200kbセグメントごとにhot spotがあるとする報告もある
--これらはMHC全体の密なSNPマップを使用したわけではない
-dbSNP121では、本領域のSNPは>36,000である
--50%以上は、complete resequencingにより発見された
-Phase 2.1、McVeanらの方法によりhotspotを予測し、そのうち90%はLD breaksと一致した。
*Material and Methods
-DNAサンプル、ジェノタイピング
--dbSNP121のMHC 4.46Mbの領域(Chr6, 28918812-33377873)から3,892SNPsを抽出した。
--選択基準は、>500bpのスペーシングがありIllumina Golden Gateにおいてデザインがあるものである。
--サンプルは、190のCEPHトリオから180
--820のマーカーについては、HapMapとWalsh et al. (2003)のデータがある。
--quality check：よくわからない。わかるものとしては：
---親子trioのinheritance testを行い、2つ以上のdiscrepant callsがある場合は除外した
---PEDCHECKとPEDSTATSにより、Mendelian inconsistenciesとなるものを除外した。genotype confidence scoreは0.25にセットした。
---<80%のpossible genotypesでもHW χ2>10であったり、ヘテロ接合体が0であるものを除外。
--結果、3122のSNPsがさらなる解析にまわった。
---うち787SNPsはnonpolymorphicであるか、MAF<5%であった。これらはランダムではなく、variation desertがあるように思われた（図1、黒矢印）
---MassEXTEND assayとSequenomのmass spectrometryが同じ結果を返したので、genotyping problemではないと考えられる。
---'''HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DQB, HLA-DRB1'''という多型性の高い遺伝子周囲ではfailure rateが高く、この領域には別のタイピング法が必要であると思われた。
--MAF>5%である2335SNPs (1SNP/1.9kb) がさらなる解析に回った。
-LDの推定
--D'とr2を使用した。
--nonrecombinant haplotypesはMerlinに由来した。
--LDのdecayを物理的距離の関数としてプロットした。
---decay ratesとは距離Sによって区切られるセグメント内の全てのマーカーのr2、D'の平均値である。
--LDパターンはGOLDsurferプログラムによって可視化した。
