WGA Viewer

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*データベースに接続できない
-ダウンロードしてみると、いきなりデータベースに接続できないと言われる。
-その場合、ConfigurationタブからConfigure Internet connectionを選び、Using Duke University Proxy Server for MySQL Connectionとする
*データ読み込み
-今回はplinkとかでなく、自作の結果ファイルを読み込ませる。
-File-Open external data file-make input file for WGAViewer
--SNP名とp値がインプットされているカラム名を入力
--mapファイルを入力。今回はplinkファイルもあるのでそれのmapファイルを使用する。
-データ入力がおわるといきなりManhattan plotが出現。
-Tools-Q-Q plotでQ-Q plotを書ける。帰無仮説t分布（回帰分析や量的形質のときとか）でも書けてらくちん。
-Tools-Top hitsでp値の低いtop SNPsを選択する。
--Top hitsタブを選択
--SNP名をクリックしAnnotationを選択
--LD span

つづく

*データベースに接続できない
-ダウンロードして実行してみると、いきなりデータベースに接続できないと言われる。
-その場合、ConfigurationタブからConfigure Internet connectionを選び、Using Duke University Proxy Server for MySQL Connectionとする
*データ読み込み
-今回はplinkとかでなく、自作の結果ファイルを読み込ませる。
-File-Open external data file-make input file for WGAViewer
--SNP名とp値がインプットされているカラム名を入力
--mapファイルを入力。今回はplinkファイルもあるのでそれのmapファイルを使用する。
-データ入力がおわるといきなりManhattan plotが出現。
-Tools-Q-Q plotでQ-Q plotを書ける。帰無仮説t分布（回帰分析や量的形質のときとか）でも書けてらくちん。
-Tools-Top hitsでp値の低いtop SNPsを選択する。
--Top hitsタブを選択
--SNP名をクリックしAnnotationを選択
--LD spanは200でなく500などを指定したいかもしれない。populationは必要に応じて。r2は0.8でいいだろう。
--LD testはHapMapを使う手もあるが、自分のデータから計算していてもいい。ところでplinkは単に相関係数を出すだけのようだがなぜだろう。HaploviewはHendrick's multiallelic D'というのを使用しているがこれのほうがよいのでは。
--ここで時間がかかる。
--Gene contextを選ぶと、関連SNPの領域プロットを得られる。
つづく