BLAST導入奮戦期
複数の配列にバッチ処理してBLASTやらせたい~。ついでに結果を比較したい。
初日
- スタンドアロンBLASTの導入を計画しNCBI-BLASTはインストールしたが、どうやら相当遅いらしいという情報があったので挫折。
- bioperlからやれるという情報あり。
>ppm
>install BioPerl
>Note: Package 'bioperl' is already installed.
- ・・・あれっもうインストールされているらしい。そういえば昔やってみたような気が・・・
- ncbiからサンプルのperlコードをダウンロード、コマンドプロンプト上でBLASTに成功!しかしかなり汎用性が低く作られたコードで、バッチ処理に持っていけない・・・
- そこから実際に取り出すところまでなぜか行けず、挫折。
- どうもWU-BLASTというワシントン大学のBLASTがperlコードを提供しているという情報を得る。
二日目
- WU-BLASTのperlスクリプト、wublast.plをダウンロード。早速実行すると、
You need to install SOAP::Lite 0.60 for using this service at wublast.pl line 6.
- てなわけでppmすると
>ppm
>install SOAP-Lite
>Note: Package 'SOAP-Lite' is already installed.
- あれっなんでだ。ググるとどうもppmは少しバージョンが古い場合があるらしい。しょうがないのでcpanから直接ダウンロードするしかないらしい。windowsでやる場合、tarとgzipとmakeがないといけないようだがMinGWに入っているでしょう。
>perl -MCPAN -e shell
...
> install SOAP::Lite
うんちゃんと動いてる。・・・と思ったら
'nmake'は、内部コマンドまたは外部コマンド、
操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されていません。
- Microsoftっていうのはコマンドプロンプトのアラームまでわかりにくいんだなあ。まあいいや。nmakeってなんじゃ。→よくわからなかった。nmakeはサイトから直接ダウンロードして、c:\Program Files\MinGW\binにいれといた。やりなおし。
nmake install -- OK
でけたようだ。再度。
C:\Documents and Settings\●●\My Documents\Research\Tools\blast>perl wublast.pl
You need to install SOAP::Lite 0.60 for using this services at wublast.pl line 6
.
- うーんおかしいなと思ってコードをチェック。なんとぉーバージョンが0.60にぴったり一致しないとだめみたいだ。cpanからいれたのは0.69。んなばかなことがあるかいな。コメントアウトしちゃえ。
最終更新:2007年07月27日 11:02