WGA Viewer

データベースに接続できない

• ダウンロードして実行してみると、いきなりデータベースに接続できないと言われる。
• その場合、ConfigurationタブからConfigure Internet connectionを選び、Using Duke University Proxy Server for MySQL Connectionとする

データ読み込み

• 今回はplinkとかでなく、自作の結果ファイルを読み込ませる。
• File-Open external data file-make input file for WGAViewer
  • SNP名とp値がインプットされているカラム名を入力
  • mapファイルを入力。今回はplinkファイルもあるのでそれのmapファイルを使用する。
• データ入力がおわるといきなりManhattan plotが出現。
• Tools-Q-Q plotでQ-Q plotを書ける。帰無仮説t分布（回帰分析や量的形質のときとか）でも書けてらくちん。
• Tools-Top hitsでp値の低いtop SNPsを選択する。
  • Top hitsタブを選択
  • SNP名をクリックしAnnotationを選択
  • LD spanは200でなく500などを指定したいかもしれない。populationは必要に応じて。r2は0.8でいいだろう。
  • LD testはHapMapを使う手もあるが、自分のデータから計算していてもいい。ところでplinkは単に相関係数を出すだけのようだがなぜだろう。HaploviewはHendrick's multiallelic D'というのを使用しているがこれのほうがよいのでは。
  • ここで時間がかかる。
  • Gene contextを選ぶと、関連SNPの領域プロットを得られる。

つづく